中国科学院科学数据中心体系

植物科学数据中心

Plant Science Data Center

标题关键词作者单位摘要

Rhododendron uvariifolium 紫玉盘杜鹃Tulipa clusiana 淑女郁金香

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数据资源

热门数据集最新数据集

分类名称 Species Name

物种分类名称数据库

119584 条

标本资源 Specimen

植物标本数字化资源

12286070 条

植物图片 Images

植物图像库

33947053 条

中国植物志 eFlora

中国植物志电子版

499250 条

植物物种精准分布

物种精准分布数据

3400000 条

迁地保育

迁地保护植物种类

23000 种

花粉多样性

花粉形态图像

109843 幅

种子多样性

种子形态图像

52883 幅

植物DNA库

DNA条形码数据

5395973 条

植被生态 Veg data

植被调查数据

3990603 条

植被图 Vegetation map

植被类型图

83245 条

生物多样性监测SinoBON

生物多样性监测数据

10678364 条

专题系统

保护植物

整合国家重点保护野生植物、CITES附录物种、IUCN红色名录等珍稀濒危植物信息，服务生物多样性保护与保育决策。

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入侵植物

收录中国外来入侵植物物种信息、分布数据与风险评估结果，为入侵物种的早期预警与防控管理提供科学依据。

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资源植物

收集、整合全球资源植物数据，涵盖药用植物、经济植物、食用植物等分类信息，为资源开发利用提供数据支撑。

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全球生命之树

整合全球植物系统发育树数据，涵盖超过35万条物种的系统发育关系，为进化生物学研究提供开放数据服务。

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植被生态

整合植被调查、长期监测和植被类型图数据，为植被生态学研究和生态系统保护提供数据支撑。

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乡土植物

展示了生态修复一级、二级和三级生态分区及对应的推荐名录

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BotAI 植物科学数据智能体

工具推荐

数据汇交

标准规范

科技项目数据汇交

中国科学院先导A项目、中国科学院先导B项目等

面向中国科学院先导项目，提供科学数据汇交服务，支持项目数据的标准化整理、质量控制与长期保存，促进科技数据资源的共享与利用。

提交入口汇交指南

381,752

科学数据

22,141

图片及图像视频

133

文档及文字记录

项目

476

数据集

115

论文著作

工具软件

一种基于连通性的地基激光雷达点云枝叶分离算法

树木精细枝干结构具有调节光截获、资源运输和保持结构稳定性的功能，其精细化建模是理解树木生理生态功能并支撑森林精细化管理的重要基础。

几何形态分析算法与软件Ellishape

物种的形态变异普遍存在于地球上的所有生命之中。准确捕捉并全面解析生物形态及其变异，对于理解形态与发育及环境驱动力之间的内在联系至关重要。

FlowerMate 2.0花伴侣专业版APP

花伴侣专业版是由中国科学院植物研究所主导开发的一款植物物种智能识别应用。作为花伴侣的专业版，该应用能够识别多达2万种野生及栽培植物，涵盖中国96%的常见植物。

绿途App——植被信息数据采集服务软件

绿途app是一款植被信息数据采集服务的软件应用，还能在这里进行数据的整理，智能的为用户带来便捷的数据采集服务，还能在这里生成报表分析，更好的服务用户的数据需求，操作起来便捷快速，更好的服务用户

名称校对

输入物种名称批量进行规范处理以及全球植物学名校对。实现名称的错误纠正、正名、异名等的标注以及科属的显示、图片的关联和结果数据下载。

基于人工智能的腊叶标本图像智能识别系统

该智能识别工具只需要上传一张标本图像就可以获取识别结果及对应的物种信息，识别结果可下载。也可以通过裁剪识别图片中的主体和关键信息。

综合新闻

2026-09-02

中国植物园学术年会专题“AI大模型与智慧植物园全场景应用”顺利举办

8月24日-27日，由中国植物学会主办，西宁植物园、中国科学院西北高原生物研究所、三江源国家公园管理局等单位承办的中国植物园学术年会在青海西宁召开。专题"AI大模型与智慧植物园全场景应用"论坛于8月26日开展，中国科学院植物科学数据中心执行主任吴慧主持，来自植物园、科研院所及科技企业的8位专家，围绕植物大数据、人工智能大模型、智能体、数字孪生以及智慧植物园管理等内容作专题报告，共同探讨人工智能技术与植物园科研、保护、管理等工作的深度融合与应用。中国科学院植物研究所冉进华研究员介绍了利用大数据研究松柏类植物分布格局及支撑保护决策的研究进展，吴慧高级工程师阐述了植物大数据、国家植物园数字孪生体系建设以及智慧大脑建设的相关进展，湖南省植物园黄文韬副研究员报告了人工智能技术在植物新品种保护领域的应用，上海辰山国家植物园陈建平高级工程师分享了大模型技术赋能标本数字化和科研数据平台建设的思考，中国科学院昆明植物研究所高富高级工程师从植物园专业数据和应用基础分析了行业大模型建设需要关注的关键问题，中国科学院文献情报中心许哲平研究馆员介绍了智能体技术在知识服务和管理场景中的应用，国家植物园（北园）张晓欣分享了数字孪生技术在古树名木数字化保护与管理中的应用探索，浙江托普云农科技股份有限公司张盛军报告了相关工作。本次专题论坛内容涵盖植物数据资源建设、数据平台、AI智能体、数字孪生以及生物多样性保护实践等多个方向，进一步加强了植物园、科研院所和科技企业之间的交流，为构建高质量植物数据基础、拓展人工智能应用场景、推动国家植物园体系数字化与智能化建设提供了有益思路。参会专家报告现场交流

2026-08-18

大数据与AI生物多样性保护研究中心人员招聘启事

中国科学院植物研究所于2024年2月在中国科学院植物科学数据中心基础上成立大数据与AI生物多样性保护研究中心。中心面向大数据驱动的植物学研究、生物多样性保护和资源植物可持续利用，建设全时空、多维度大数据平台，研发AI生物多样性保护技术，保障生物资源安全，支撑国家森林和草地管理，服务国家植物园体系建设。因工作发展需要，现公开招聘以下岗位：一、花粉多样性数据库建设工程师（一）岗位职责1. 系统开展花粉种类、时空分布、遗传信息等相关数据库建设；2. 利用人工智能技术开展建模、特征提取、分类等工作；3. 完成领导交办的其他工作。（二）应聘条件1. 具有计算机科学与技术、大数据技术与应用、软件工程等计算机类专业，电子信息科学与技术、通信工程等电子信息类专业，遥感科学与技术、地理空间信息工程等测绘类专业，声学、光学等物理学类专业，生物信息学、生态学等生物科学类专业，植物学、细胞生物学、发育生物学等生物学类相关专业博士学位；2. 具有良好的专业基础知识，熟练掌握Python等数据分析工具，具备独立开展开源算法实现、数据处理和实验分析的能力；3. 具有计算机视觉、三维重建、深度学习、几何形态分析、信号分析、数学建模等研究经验者优先；具有孢粉生物学、植物分类学、植物地理学、植被生态学、古植物学等领域研究背景者优先；4. 身心健康，具备承担相关工作的身体条件；遵纪守法，遵守学术道德规范；爱岗敬业，具有良好的团队协作精神；年龄原则上不超过35周岁；5. 具有北京市常住户口，或符合国家及中国科学院人员聘用中落户北京相关政策的其他情形；6. 满足中国科学院植物研究所应聘岗位的其他聘任条件。（三）待遇保障1. 纳入事业编制管理，提供具有竞争力的薪酬待遇，享受公费医疗、住房补贴等福利；可申请职工集体宿舍，住房公积金及其他福利按照国家和中国科学院有关规定执行；2. 在政策允许范围内，可为应届毕业生、出站博士后及新近留学回国人员解决北京户口；符合条件者可申请配偶及子女随迁；3. 提供良好的科研环境、技术平台、职业发展和培养培训体系，并提供年度健康体检及丰富的工会活动。（四）应聘材料及方式应聘者请以电子邮件附件形式提交以下材料：1. 《中国科学院植物研究所公开招聘人员申请表》；2. 证明个人能力的材料，如论文首页（共同第一作者须另附贡献说明）、专利证书、获奖证书等；3. 身份证、户籍证明、毕业证书、学位证书、工作经历证明等材料；未获得学位者可暂以培养单位证明代替；4. 北京市二级及以上医疗机构出具的健康体检表。请先将上述第1、2项材料发送至：wuhui@ibcas.ac.cn。第3、4项材料可在部门初评阶段提供。邮件主题请注明：“姓名＋应聘岗位＋学历＋专业＋毕业学校＋户籍所在地（非应届人员请注明）” 部门将对应聘人员进行资格审查，并通过电话或电子邮件通知初审合格者参加后续招聘环节。资格审查未通过者，不再另行通知。联系人：吴老师联系电话：010-62836709二、植物多样性调查专员（一）岗位职责与工作安排主要承担植物多样性调查、植物采集及样本整理等相关工作。工作安排将根据实际需要和植物物候灵活调整：植物生长季以野外调查任务为主，其他时间主要开展样本整理等内业工作。（二）应聘条件1. 本科及以上学历，热爱植物多样性相关工作，具有扎实的植物分类学基础和较强的分类鉴定能力；了解花粉、花药相关知识者优先；2. 具有植物调查、采集经验，能够适应短期野外工作及异地出差；3. 工作认真负责，具有良好的团队协作能力。（三）相关待遇1. 签订劳务派遣合同，薪酬待遇参照相关岗位标准执行；2. 提供五险一金；3. 提供年度健康体检及工会活动。（四）申请方式请将个人简历及相关能力证明材料发送至：plantdata@ibcas.ac.cn。邮件主题请注明：“大数据中心植物多样性调查专员应聘＋个人姓名” 欢迎海内外优秀人才加盟中国科学院植物研究所大数据与AI生物多样性保护研究中心！

2026-06-08

数据中心团队提出椭圆傅里叶描述符子完全归一化算法并应用于定量形态学分析

形态变异普遍存在于生物物种，准确捕捉并全面解析生物形态及其变异，对于理解它们与发育及环境之间的相互联系至关重要。几何形态测量学为多维生物形态的定量分析提供了数学工具，被视为形态测量学领域的重要突破。椭圆傅里叶分析是几何形态测量学中常用的数学分析方法，该方法能够将二维闭合曲线通过数学函数转换为椭圆傅里叶描述子，并以任意小的偏差重构原始形状，能够实现几何形态学由之前的定性分析转变为定量分析，并已在动物学、植物学和临床医学中展现出应用潜力。然而，传统椭圆傅里叶描述子归一化仅能对平移、旋转以及尺寸缩放进行归一化，对于二维曲线的逆转、对称、不同起始点难以获得唯一且可比较的结果，需要大量手动对齐工作，这限制了该方法对高通量、高变异、高维度的生物形态进行自动化分析的能力。针对此问题，中国科学院植物科学数据中心团队提出了一种椭圆傅里叶描述子完全归一化的数学方法，理论推导并证明该方法在逆转、起始点、对称性等基本轮廓变换下均能获得一致的归一化的结果（图1），完善了椭圆傅里叶描述子归一化理论基础，为大数据时代高通量、自动化图形处理铺平了道路。图1：椭圆傅里叶描述子完全归一化的全过程，以蓝色线所示的乌龟轮廓为例，逐步实现平移、逆转、缩放、旋转、起始点、对称性等归一化步骤。为了证明方法的稳定性，团队使用基准数据集对椭圆傅里叶描述子完全归一化方法进行了逐一验证，测试结果表明该方法与理论分析结果一致，具有高度稳定性和鲁棒性（图2）。图2：椭圆傅里叶描述子归一化不同方法的比较。(a) 六个基准测试数据；(b–e) 乌龟轮廓（P1）的测试结果表明，团队提出的方法在基本轮廓变换下均能获得一致的归一化的结果。在此基础上，引入了最小欧式距离测度方法，使用完全归一化描述子重构图形并实现不同形状之间的自动对齐，在数学上保证了结果的唯一性和可比性。团队选取了来自86个物种的1338枚植物叶片外围轮廓图形，开展最小距离方法的计算并构建了形态聚类树，发现叶片聚类模式与叶片椭圆度和叶裂程度的变化密切相关（图3），这一不同于系统发育关系的模式可支撑叶片的趋同进化与适应性进化研究。图3：基于1338枚叶片椭圆傅里叶描述子归一化后重构的轮廓开展最小欧氏距离的计算并使用邻接法聚类，构建了86个植物物种叶片的形态聚类树。该聚类树包含三个主要分支：分支I主要由条形和长圆形叶型组成，分支II则是圆形和心形叶型，分支III进一步分为两个亚支—掌状浅裂-掌状深裂叶亚支与羽状浅裂-羽状深裂叶亚支。基于上述研究成果，团队开发了便于用户使用的开源工具包ElliShape，并已适配多种应用场景：命令行版本支持自定义参数的批量处理，图形用户界面版本集成了分割模型可实现器官的自动分割，Web版本则提供免安装的便捷访问方式。该研究构建的定量形态学分析框架提供了一个客观的度量标准来评估形状之间的差异。具体而言，该框架将形态特征系统地编码为可追溯的特征矩阵，从而支持与分子数据集和环境参数的整合，对深入理解生物体与环境相互作用的演化发展具有重要意义。几何形态测量学与机器学习的结合将在整合分类学、生物多样性保护、物种分类和生态系统功能评估中发挥关键作用，推动形态大数据驱动的跨尺度生物学研究。相关成果于6月5日在线发表于国际学术期刊Methods in Ecology and Evolution。中心执行主任吴慧、工程师杨嘉洁以及植物研究所吴平博士为第一作者，中心主任汪小全研究员和中国科学院声学研究所彭任华研究员为通讯作者，冉进华研究员、齐鲁师范学院李超群副教授参与了相关研究工作。该研究得到中国科学院战略性先导、中国科学院网络安全和信息化专项等项目的资助。论文链接：http://doi.org/10.1111/2041-210x.70330数据集和开源工具下载链接：https://www.plantplus.cn/doi/10.12282/plantdata.1667在线工具访问链接：https://www.plantplus.cn/ElliShape/

2026-04-28

基于植物大数据识别一个新的全球生物多样性热点——华中热点

全球生物多样性热点”代表了物种特有性高度富集但受威胁最严重的区域，已成为国际社会统筹保护行动、优化资源配置的重要依据。在全球生物多样性加速丧失的背景下，如何科学识别并优先保护关键区域，已成为落实《昆明-蒙特利尔全球生物多样性框架》“30×30”目标（即到2030年保护全球至少30%的陆地和海洋）的核心议题。截至目前，全球共划定36个生物多样性热点，这些区域仅占全球陆地面积的16.7%，却集中了超过50%的维管植物特有种和近半数陆生脊椎动物特有种，持续吸引着数以亿计的国际保护资金投入。其中，中亚山地、喜马拉雅、中国西南山地和印度-缅甸等4个热点跨越中国境内，在全球生物多样性格局中占据重要地位。既往研究表明，中国中部在属水平的系统发生多样性显著高于北美沿海平原，而后者已在2016年被认定为第36个全球生物多样性热点，由此引发一个关键科学问题：中国中部是否同样具备成为全球热点的条件？围绕这一问题，中国科学院植物研究所植物大数据与生物多样性保护研究团队基于多年的野外调查与采集工作，构建了目前取样最全的中国维管植物生命之树，涵盖所有科、3029属（99%）、16585种（53%），其中包含6265个中国特有种（图1）。结合140余万条物种分布记录，从属与种两个维度，系统解析了中国维管植物的物种丰富度、系统发生多样性及系统发生特有性格局，并评估了特有中心在国家和全球保护体系中的代表性与覆盖程度。研究发现，中新世与更新世分别是特有属与特有种形成与快速分化的关键时期。从空间格局看，基于特有类群识别的特有中心集中于横断山区、华中及滇黔桂喀斯特区域，而系统发生特有中心则广布于中国南部、西南，以及天山-阿尔泰山和长白山等区域（图2）。两类特有中心在空间分布上显著错位，提示保护规划中需兼顾物种数量与演化历史两个维度。在此基础上，研究团队将特有中心与现有保护地及全球生物多样性热点叠加分析发现，华中地区是一个长期被忽视的保护空缺（图3）。该地区面积约154万平方公里，位于东亚亚热带常绿阔叶林生态区，拥有维管植物超过14431种，其中至少2024种为该区域特有，而其原始自然植被覆盖率仅为7%，完全符合全球生物多样性热点划定标准（拥有至少1500种特有维管植物，且原始自然植被留存率≤30%）。据此，研究团队提出，应尽快将华中地区正式认定为全球生物多样性热点，以提升其在国际保护体系中的战略地位，推动开展更为系统化、精准化的保护行动。该研究为我国优化生物多样性保护空间格局、积极履行《生物多样性公约》提供了关键科学依据。研究成果于3月31日发表在国际学术期刊Nature Ecology & Evolution，期刊同期配发Research Briefing进行报道。植物所博士研究生冯亚磊为论文第一作者，鲁丽敏研究员和陈之端研究员为共同通讯作者。植物所胡海花副研究员、刘冰副研究员、彭丹晓博士，东莞市林业科学研究所杨宇昌博士，澳大利亚悉尼皇家植物园Russell Barrett教授，英国皇家植物园邱园Alexandre Antonelli教授参与了该工作；植物所苏艳军研究员团队为本研究提供了必要帮助。本研究得到国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国科学院国际人才计划等项目资助。文章链接：https://doi.org/10.1038/s41559-026-03025-1 图1 中国维管植物时间树与特有属、特有种概况图2 中国维管植物类群特有中心（A, B）和系统发生特有中心（C, D）图3 新识别的华中热点的地理范围及保护现状（右侧展示代表性特有属）

2026-02-06

植物所汪小全研究团队揭示松科植物独特生殖周期多样性的进化和遗传调控机制

松科是裸子植物中最大的两个科之一，起源于侏罗纪，现存11属约230种植物，广泛分布于北半球。传统概念的松柏类植物包含松科等8个科、约614个物种，不及被子植物（开花植物）物种数的千分之二，但构成了全球39%的森林覆盖，具有极其重要的生态与经济价值。松科在漫长的进化历史中形成了独特、多样的生殖周期，主要分为三种类型：1）松属型，见于松科第一大属——松属及其姐妹类群银杉属，其生殖周期长达三年，从生殖芽分化到球果成熟跨越三个生长季，且授粉与受精相隔约一年；2）云杉属型，包括云杉属、落叶松属、冷杉属等八个属，其生殖周期为二年，生殖芽于第一年形成，授粉与受精均在第二年完成，两者间隔约2至4个月；3）雪松属型，其生殖周期同样为二年，但秋季授粉、次年受精。在这三类生殖周期中，雌配子体发育的时序进程是否一致？其遗传调控机制又是什么？该生殖周期多样性具有怎样的适应意义？特别值得注意的是，松属植物的“球果”普遍存在“夏季休眠”现象—即在生殖周期第二年完成授粉后，未受精的“球果”于夏季进入发育停滞阶段。这一独特现象受何种分子机制调控？为探究上述问题，汪小全研究团队选取松科不同生殖周期类型的代表性物种——油松(Pinus tabuliformis)、长叶云杉(Picea smithiana)和雪松(Cedrus deodara)，基于解剖观察、时序转录组比较、异源转化验证等手段，开展了雌配子体的发育及其遗传调控机制研究。通过结构观察，系统构建了雌配子体各发育阶段的时序解剖图谱，解析了裸子植物典型的雌配子体发育过程，包括大孢子母细胞减数分裂、游离核分裂、细胞化以及颈卵器形成等关键阶段，并揭示了不同雌配子体在游离核分裂阶段存在的异时性发育特征（图1）。有趣的是，该研究还发现了多样的花粉管发育模式。在油松中，授粉后花粉管仅短暂生长，延伸至珠心组织顶端后即进入长达数月的停滞阶段，直至次年受精前约一周才迅速伸长，完成精细胞输送。与之相比，雪松的雌球花授粉后，花粉长时间滞留于珠孔内不萌发，直至次年受精前才启动萌发过程，停滞期长达半年。在遗传调控层面，该研究发现松科植物雌配子体发育各阶段具有相对保守的分子调控机制。例如，在游离核活跃分裂阶段，细胞周期蛋白B亚家族及其依赖性激酶B2亚家族成员为核心调控基因，它们在三个物种中均呈现与雌配子体游离核分裂同步的表达模式，且在拟南芥异源转化体系中可引发胚乳游离核数量变化（图2）。又如，在大孢子母细胞阶段，MADS-box基因家族的两个GGM7基因（DAL10/21）参与胚珠早期发育的调控。此外，该研究进一步聚焦于松属植物漫长的生殖周期，发现雌配子体在授粉后的早期游离核阶段发育迟缓是其主要成因，导致“球果”进入“夏季休眠”状态。该游离核阶段可细分为两个时期：时期I中，“球果”可能因免疫应答反应而导致发育减缓，ORA47、TZF9等转录因子在该时期发挥关键调控作用；时期II中，“球果”通过响应高温及热胁迫逐步进入休眠状态， SIP1s和PIF类转录因子参与该过程。基于此，该研究推测松属“球果”通过减缓发育以应对外界胁迫，是一种适应性进化策略。该研究解析了松科植物独特生殖周期多样性的形成机制，揭示了松属漫长生殖周期中的生长-防御权衡策略（图3），对理解松柏类植物的进化及物种多样性形成具有重要意义，也为理解裸子植物生殖策略的进化提供了重要例证。该研究成果于 2 月 5 日发表在国际学术期刊New Phytologist上。植物所杜红高级工程师和冉进华研究员为共同第一作者，植物科学数据中心主任汪小全研究员为通讯作者。已毕业研究生赵晗、冯媛媛、黄开元以及北京大学陈凤莹参与了该研究。该研究得到了中国科学院前沿科学重点研究计划项目的支持。文章链接：https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.70985数据集访问链接：https://www.plantplus.cn/doi/10.12282/plantdata.1474 图1 油松“球果”的时序发育观察及胚珠解剖图2 松科雌配子体各发育阶段的遗传调控机制解析图3 松科植物生殖周期的多样性及其分子调控机制

2026-01-15

汪小全研究团队揭示裸子植物百岁兰局域分布群体间基因组分化的机制和性别决定系统

百岁兰（Welwitschia mirabilis）是裸子植物中买麻藤类百岁兰科的唯一现存物种，又名千岁兰，被国际植物学会列为世界八大珍稀植物之一。其形态极为独特，一生仅有两片叶，持续生长不脱落，个体寿命可长达3000年，是已知寿命最长的植物之一。该物种仅分布于非洲西南部的纳米布沙漠，其分布区沿大西洋海岸南北延伸超1000公里，形成多个片段化的分布区域。已有研究表明，其群体在这些区域间发生了显著的遗传分化。中国科学院植物研究所汪小全研究团队通过野外实地考察发现，该物种地理距离很近的群体间也在生境、物候期等方面发生了显著分化。该分化在基因组上有何表现？驱动分化的生物和非生物因子是什么？此外，百岁兰是功能性雌雄异株植物，个体或产生具可育雄蕊和不育胚珠的两性球花，或仅产生具可育胚珠的雌球花。这一性状在买麻藤类中具有一定的代表性，却明显不同于大多数裸子植物的单性球花结构。百岁兰性别决定的分子机制是什么？图1 百岁兰的采样地点、生境、形态和群体遗传结构为探讨上述问题，汪小全研究团队利用已经测序的百岁兰基因组（约6.8 Gb），对该物种分布于纳米布沙漠南端地理距离很近的5个群体130个个体进行了全基因组重测序，开展了群体基因组比较和环境因子等综合分析（图1）。研究显示，基因组在这些群体间发生了显著分化，地理隔离是重要驱动力，其通过限制基因流直接导致了谱系间的遗传分化，环境因素（尤其是土壤异质性）在群体分化中也具有重要作用。同时，百岁兰以虫媒传粉为主、传粉动物的飞行力弱，并靠水力协助扩散种子。这些特性也限制了群体间的基因交流，加强了群体间遗传分化。基因组变异检测发现，群体间的基因组分化景观呈现高度异质性，基因组岛屿广泛分布于整个基因组，这主要归因于祖先多态的差异分选和搭车效应。此外，通过对30株雄性和30株雌性百岁兰个体的全基因组关联分析，研究人员发现其性别决定系统为XY型，性别连锁区域位于6号染色体的72.04-92.82 Mb（图2）。有趣的是，在该区域中并未发现已知在其他裸子植物（如苏铁、银杏）性别决定中起关键作用的MADS-box基因家族成员。百岁兰科的XY型性别决定系统这一发现，结合基部裸子植物类群（苏铁、银杏）同样为XY型性别决定系统等证据，暗示着裸子植物的共同祖先可能是XY型性别决定系统。图2 百岁兰的性别连锁区域与性别决定系统该研究揭示了百岁兰局域分布群体间基因组的分化式样和机制，确定了其性别决定系统和性别连锁区域，对理解裸子植物局域群体遗传分化和适应以及性别决定系统和性染色体进化等具有重要意义，也为百岁兰这一珍稀植物的保护策略制定奠定了科学基础。该研究成果于1月13日正式发表在国际知名学术期刊Cell Reports上。植物所博士后孙静静为第一作者，中心主任汪小全研究员为通讯作者。中国科学院武汉植物园王青锋研究员、万涛研究员，纳米比亚Gobabeb研究中心Gillian Maggs-Kölling和Eugene Marais参与了该研究。该研究得到了中国科学院前沿科学重点研究计划项目的支持。文章链接：https://doi.org/10.1020/j.celrep.2025.120836

2025-12-26

国家重点研发计划项目“代表性珍稀濒危植物的保育和种群恢复技术”2025年度进展报告会在植物所召开

12月24日，由植物所牵头的国家重点研发计划“典型脆弱生态系统保护与修复”重点专项项目“代表性珍稀濒危植物的保育和种群恢复技术”2025年度进展报告会在植物所召开。项目专家组组长、中国科学院院士洪德元，项目专家组成员、中国科学院院士魏辅文和孙航，武汉植物园主任王青锋研究员，西双版纳热带植物园杨永平研究员，北京师范大学张大勇教授和中国林业科学研究院林木遗传育种全国重点实验室主任曾庆银研究员，项目跟踪专家、中国科学院广州分院院长任海研究员和新疆生态与地理研究所所长张元明研究员，以及中国科学院可持续发展科技研究局大气海洋与生态环境处处长任小波参会指导。项目负责人、中国科学院植物研究所所长汪小全，课题负责人马永鹏、邱英雄、董阳等出席会议，项目组成员50余人线上线下同步参会。汪小全和任小波分别致辞。汪小全代表项目依托单位对与会专家、领导和项目组成员表示热烈欢迎和衷心感谢。他回顾了珍稀濒危植物保护研究的历史与初心，并强调了继续开展这一研究的必要性，以及项目在支撑以国家公园为主体的自然保护地体系和以迁地保护为主的国家植物园体系建设方面的重要作用。任小波强调做好项目的结题验收准备，并重视财务执行情况。汪小全介绍了项目的总体设计思路和重要研究进展。他重点汇报了项目2025年度取得的代表性成果，主要包括濒危植物天空地一体化监测体系研发、植物濒危的遗传学机制解析与适应潜力评估、濒危植物种群衰退的生态学机制解析、濒危植物就地和迁地保护技术体系研发和示范基地建设等方面的工作。4位课题负责人分别就各自承担课题的研究进展、阶段性成果及任务完成情况进行了详细汇报。在听取项目和课题汇报后，与会专家对项目取得的系统性研究进展和创新性成果给予了充分肯定，并围绕关键科学问题的进一步凝练、核心技术的协同攻关、就地和迁地保护的统筹推进以及成果整合提升和项目结题材料准备等方面提出了针对性意见和建议。洪德元对项目取得的成果给予了高度评价，希望项目组进一步注重成果的系统凝练，为未来濒危植物保护研究和实践提供可借鉴的科学范式。在总结发言中，汪小全对各位专家的支持与指导表示感谢，对项目组成员一年来的辛勤付出给予了充分肯定。他表示，下一阶段要以高质量总结项目成果为核心任务，认真吸纳专家建议，大力加强课题间协同与成果整合，圆满完成结题各项任务，力争将项目打造成植物保护生物学研究领域的标杆。（植物多样性与特色经济作物全国重点实验室供稿） 12月24日，国家重点研发计划项目“代表性珍稀濒危植物的保育和种群恢复技术”2025年度进展报告会在植物所召开

2025-12-09

创新数据挖掘和整合技术，发布全球系统发育树开放数据库TreeHub

系统发育树作为揭示物种进化关系的核心图谱，是生命科学与进化生物学研究的基础。然而，科学界长期面临数据分散、更新滞后与获取不便的挑战，制约了相关研究的深入发展。为解决这一瓶颈，中国科学院植物科学数据中心提出了一种从科学论文和公共数据库中自动提取系统发育数据和整合相关物种信息的新方法。如下图所示，该方法主要分为三步。首先，系统发育研究收集：我们从PubMed和Web of Science等主流数据库，通过期刊列表和关键词（如“phylogeny”）系统检索截至2025年1月的相关论文，提取标题、作者、DOI等元数据，并以DOI去重。其次，系统发育树收集与清洗：利用API从Dryad、FigShare等开放平台下载数据文件，通过文件后缀和DendroPy库验证并提取Newick/NEXUS格式的系统发育树，同时使用Crossref API补充缺失的出版信息。最后，分类分配与数据整合：结合NCBI分类数据库，分别从论文元数据和树文件末端标签中自动识别并比对目、科、属、种等分类信息，以确定最终分类归属；此外，还将TreeBASE等公共数据库的数据进行提取、重建、去重后统一整合至数据集。整个过程实现了从文献发现、数据获取、清洗验证到分类标注与多源融合的全自动化处理。该方法能从已发表的科学文献及公共数据库中高效挖掘系统发育树数据，并与物种信息进行关联。在此基础上，我们构建了一个名为“TreeHub”的数据库，其中包括来自 7879 篇系统发育研究文章、涵盖 609 种学术期刊的 135502 个相应的系统发育树。该数据库将成为科学界可靠且易于获取的资源，有助于加速基于高密度数据的生物多样性研究和进化理论的创新。自动提取系统发育数据的工作流程及其共享平台，包括系统发育研究收集、系统发育树收集、分类分配和数据集应用。 TreeHub数据库的核心优势：（1）深度整合：首次实现了研究论文、原始树文件、分类学信息及物种元数据的系统化关联。（2）开放易用：数据库遵循CC-BY 4.0开放许可，提供在线平台（www.plantplus.cn/treehub），方便全球研究人员检索与利用。数据库访问链接：https://www.plantplus.cn/treehub 。数据集访问链接：https://doi.org/10.57760/sciencedb.23017 。该研究成果于2025年6月2日正式发布于期刊Scientific Data （https://doi.org/10.1038/s41597-025-05282-4）上，四川师范大学助理研究员吴平为论文的第一作者，中国科学院植物研究所高级工程师吴慧为论文的通讯作者，本研究得到了中国科学院战略性先导科技专项和国家自然科学基金的支持。